この問題については、IDE 上のアプリケーションの [付加的なプロパティ] > [PDF エクスポート] タブで「生成された PDF ファイルにカスタムフォントを埋め込む」にチェックを入れた状態で PDF 出力を行うと改善される可能性があります。

NativePDF 機能を使用してデータウィンドウを出力する際の印刷仕様は、データウィンドウプロパティの [エクスポート] タブで、「変換メソッド」を「NativePDF!」で選択した際に表示される「用紙」エリアでの設定が適用されます。
つきましてはこちらから印刷仕様を指定してください。

[印刷の仕様] タブでの用紙設定と同じ設定にしたい場合は、「印刷仕様の設定を使用する」のチェックを有効にしてください。